4. 4. 2014, iskrene čestitke dr. Nataši Šibanc za uspešen zagovor doktarata z naslovom ‘Biodiverziteta arbuskularnih mikoriznih gliv in izbranih skupin rizosfernih mikroorganizmov na naravnih izvirih CO2’

Čestitke dr. Nataši Šibanc za uspešen zagovor doktorata!

Natasa doktorat

Javni zagovor doktorske disertacije Nataše Šibanc z naslovom

Biodiverziteta arbuskularnih mikoriznih gliv in izbranih skupin rizosfernih mikroorganizmov na naravnih izvirih CO2

je bil 4. 4. 2014 ob 9h na UL, BF, Jamnikarjeva 101.

Člani komisije: prof. dr. Nina Gunde-Cimerman, predsednica; doc. dr. Irena Maček, mentorica; izr. prof. dr. Elena Bužan, članica.

Izvleček

Razumevanje procesov, ki vplivajo na diverziteto združb talnih mikroorganizmov, ima pomembno vlogo pri napovedi odzivov ekosistemov in njihovih funkcij na okoljske spremembe. Tovrstne raziskave so v naravnih ekosistemih težavne zaradi specifičnih lastnosti tal, saj so selekcijski pritiski v tleh redko časovno in prostorsko usmerjeni in se pogosto prekrivajo z drugimi talnimi karakteristikami. Naravni izviri CO2 (mofete) so ekstremni ekosistemi, kjer ogljikov dioksid (CO2) geološkega izvora doseže površino tal in povzroča dolgoročne spremembe v sestavi talnega zraka. Ker se CO2 prezračuje skozi tla,  najprej prizadene korenine rastlin in talne organizme. Za naše raziskave diverzitete in ekologije združb talnih mikroorganizmov smo izbrali vrstno pestre in funkcionalno pomembne skupine mikrobov; arbuskularne mikorizne (AM) glive, arheje, bakterije in kvasovke. Sestavo združb AM gliv smo na območjih izbranih lokacij mofet v Sloveniji, Italiji in Republiki Češki določili z metodo pirosekvenciranja (454 GS-FLX, Roche), sestavo združb arhej in bakterij smo določili na območju slovenskih mofet v okolici Stavešincev s konvencionalnim pristopom na podlagi PCR, kloniranja in sekvenciranja po Sangerju. Kvasovke smo na območju slovenskih mofet izolirali z uporabo več različnih tehnik izolacije in različnih gojišč ter identificirali z molekulskimi pristopi. Najpomembnejši okoljski dejavniki, ki vplivajo na sestavo združb AM gliv, arhej in bakterij na območju naravnih izvirov CO2, so koncentracija CO2 v talnem zraku, hipoksija in pH tal. Dodatno smo ugotovili, da na variabilnost v sestavi združb AM gliv vplivajo tudi razlike med leti vzorčenja, medtem ko razlik med različnimi meseci vzorčenja in vpliva geografske oddaljenosti med mofetami nismo opazili. V združbi AM gliv smo ugotovili večjo biodiverziteto (glede na izračunana Hillova števila) na kontrolnih območjih, medtem ko razlik v biodiverziteti med združbami arhej in bakterij na območjih z različno koncentracijo CO2 nismo opazili. Identificirali smo osem izolatov kvasovk, med njimi tudi kvasovko Occultifur species sp. nov., ki velja za novo, do sedaj še neopisano vrsto. Rezultati naše študije kažejo, da ima lahko izhajanje geološkega plina pomembne ekološke posledice, ki nastanejo zaradi sprememb v sestavi združb talnih mikroorganizmov. Te se dogajajo v smeri večje abundance anaerobnih in metanogenih predstavnikov arhej in bakterij, večje številčnosti fermentativnih kvasovk in trajnih sprememb v sestavi združb vseh raziskovanih mikrobnih skupin v smeri večje abundance ekoloških specialistov.

15. 11. 2013, izšla je knjižica ‘MikoKAJ ali mala knjiga o mikorizi’

Z namenom širjenja znanja o mikorizi je v okviru Švicarskega prispevka izšla knjižica MikoKAJ ali mala knjiga o MIKORIZI.

MikoKAJ je knjižica, ki odgovarja na številne KAJe majhnih, večjih in največjih radovednežev. Govori o starodavni simbiozi med rastlinami in mikoriznimi glivami ter raziskovanju nevidnega, a vznemirljivega življenja pod našimi stopali.

Če želite elektronsko verzijo knjige, jo lahko dobite tu MikoKAJ (pdf).

Če bi imeli tiskano verzijo, mi prosim sporočite na elektronski naslov irena.macek@bf.uni-lj.si in vam jo bom poslala po pošti.

Knjižica je na voljo tudi v nekaterih slovenskih knjižnicah.

Dobrodošli v svetu MIKORIZE.

Irena

22. 10. 2013, dve novi objavi o mikrobnih združbah na mofetah v revijah Soil Biology & Biochemistry in Acta Agriculturae Slovenica

V oktobru 2013 smo objavili dva članka o mikrobnih združbah na mofetah.

1) Članek avtorjev Nataša Šibanc, Alex J. Dumbrell, Ines Mandić-Mulec in Irena Maček v reviji Soil Biology & Biochemistry z naslovom:

Impacts of naturally elevated soil CO2 concentrations on communities of soil archaea and bacteria

Abstract

There is a limited understanding of the importance of abiotic factors in regulating biodiversity and structure of many functionally important soil microbial communities. In this paper we present a molecular characterisation of archaeal and bacterial communities, exposed to long-term change in soil abiotic environment at natural CO2 springs (mofettes), using T-RFLP profiling and examination of 16S rRNA clone libraries. Our results show major shifts in archaeal and bacterial communities towards anaerobic and methanogenic taxa dominating in CO2 rich hypoxic soils with a significant increase in abundance of Methanomicrobia and predominantly anaerobic Chloroflexi and Firmicutes. O2 concentration in soil was consistently shown to be the strongest predictor of the compositional changes across both the archaeal and bacterial communities. However, soil pH and total N, were most important in separating the archaeal communities in transition and control zones, but not the bacterial communities. We conclude that geological CO2 induced hypoxia in mofette systems can cause major shifts in community composition of soil microbes that can generate significant implications for ecosystem functioning (e.g. nutrient cycling and CH4 production). Our data indicate that mofettes offer a good model system for studying the response of natural microbial communities to long-term environmental changes, which is urgently needed to address the bias towards macro-organisms in soil biodiversity research.

 2)  V reviji Acta Agriculturae Slovenica (AAS)  je bil objavljen pregledni znanstveni članek Irene Maček z naslovom:

A decade of research in mofette areas has given us new insights into adaptation of soil microorganisms to abiotic stress

101_2_platnice

Na naslovnici je grozd spor arbuskularnih mikoriznih gliv. Foto: Irena Maček

Abstract

Natural CO2 springs (mofettes) represent extreme ecosystems with severe exhalations of ambient temperature geological CO2, inducing long-term soil hypoxia. In this paper an overview of mofette research in the fields of microbial ecology and biodiversity in presented, with a focus on the studies describing the impact of the changed soil gas regime on communities of arbuscular mycorrhizal fungi, archaea and bacteria. Along with the fast development of new, high- throughput molecular techniques driving the field of molecular ecology, mofettes enable new insights into the importance of the abiotic environmental factors in regulating soil biodiversity, and the community structure of these functionally important microbial groups.

Če do katere od objav na spletni strani ne morete dostopati in želite pdf, mi pišite na e-naslov: irena.macek@bf.uni-lj.si.

Z lepimi pozdravi,

Irena

1. 8. 2013, priporočam ogled strani programa Summer of Soil, ki poteka na Švedskem

Summer of Soil

The Summer of Soil (Järna, Sweden, Avgust 2013) je 5-tedenski program, katerega namen je zbuditi, inspirirati in informirati ljudi o pomenu in ohranjanju živih tal. Če letos ne načrtujete obiska Švedske in se dogodkov ne morete udeležiti, se lahko prijavite na novice o dogajanju na newsletter in spremljate zadnje informacije na twitterju @SummerofSoil.

Nujno pa poglejte filmček Let’s Talk About Soil!

Priporočam tudi branje članka, objavljenega v The New York Times z naslovom The Hidden World Under Our Feet avtorice Helene Mont.

Lep pozdrav in pazite na tla!

Irena

2013 – 2017, sodelovanje v akciji COST FA1206 – ‘Strigolactones: biological roles and applications’

Z veseljem sporočam, da od junija 2013 sodelujemo v akciji COST FA1206 – Strigolactones: biological roles and applications. V okviru akcije bo v začetku novembra 2013 v Jeruzalemu potekal prvi sestanek Upravnega odbora akcije, ki se ga bom tudi z veseljem udeležila.

Strigolaktoni so pred kratkim odkriti rastlinski hormoni, ki vplivajo na morfologijo in rast rastlin, obenem pa delujejo kot kemični signali v dialogu med rastlinami in talnimi (rizosfernimi) organizmi, vključno z arbuskularnimi mikoriznimi glivami.

Več o strigolaktonih v slovenščini lahko preberete v diplomskem projektu študenta Benjamena Justina, pod mentorstvom prof. dr. Dominika Vodnika, z naslovom “Strigolaktoni – vzpostavitev mikorize in vloga pri uravnavanju rasti”.

Lep pozdrav!

Irena

20. – 24. 5. 2013, raziskovalni obisk dr. Fritza Oehla na Oddelku za agronomijo Biotehniške fakultete Univerze v Ljubljani

V okviru projekta SI-AMF (Švicarski prispevek) smo od 20. do 24. maja 2013 gostili dr. Fritza Oehla iz inštituta Agroscope, Zurich, Švica.

V času raziskovalnega obiska smo na osnovi taksonomskih znakov (morfologije spor) identificirali več vrst arbuskularnih mikoriznih (AM) gliv, vzorčenih iz različnih lokacij v Sloveniji. Nekatere so uspešno sporulirale tudi v naši zbirki SI-AMF. Med njimi so tudi take, ki bi lahko predstavljale nove, še neopisane vrste. Za potrditev te domneve so potrebne nadaljnje raziskave, ki vključujejo analizo njihove DNK in uporabo vrstno specifičnih molekulskih markerjev.

 

Acaulospora  spore AM gliv

28. – 29. 3. 2013, delavnica z naslovom ‘Molecular Advances in Environmental Microbiology & Microbial Ecology’ na UP FAMNIT

 

28. – 29. 3. 2013 organiziramo delavnico z naslovom ‘Molecular Advances in Environmental Microbiology & Microbial Ecology’, ki bo potekala v okviru predmeta Okoljska mikrobiologija na magisterskem študiju Varstvo narave na UP FAMNIT. Na delavnici bo predaval gostujoči predavatelj dr. Alex J. Dumbrell z Oddelka za biologijo Univerze v Essexu, VB. Več o predavatelju lahko najdete na http://www.essex.ac.uk/bs/staff/profile.aspx?ID=2130.

Predavanja bodo v predavalnici na UP ZRS, Garibaldijeva 1 v Kopru.

URNIK PREDAVANJ: Molecular Advances in Environmental Microbiology and Microbial Ecology (time-table)

Vabljeni!

Irena Maček

 

Operacijo delno financira Evropska unija, in sicer iz Evropskega socialnega sklada. Operacija  se izvaja v okviru Operativnega programa razvoja človeških virov za obdobje 2007 – 2013, razvojne prioritete 3: “Razvoj človeških virov in vseživljenjskega učenja”; prednostne usmeritve 3.3 “Kakovost, konkurenčnost in odzivnost visokega šolstva”.

 

 

2013 – 2016, na ARRS so odobrili financiranje novega temeljnega projekta z naslovom ‘Odziv rastlinskih korenin in mikoriznih gliv na talno hipoksijo’

Na ARRS so odobrili financiranje novega temeljnega projekta, ki se začne 1. avgusta 2013 in traja do 31. julija 2016. Skupna vrednost projekta je 300.000 EUR.

Naslov: Odziv rastlinskih korenin in mikoriznih gliv na talno hipoksijo / Response of plant roots and mycorrhizal fungi to soil hypoxia

Vodja projekta: doc. dr. Irena Maček

Partnerji: Gozdarski inštitut Slovenije / Kmetijski inštitut Slovenije / Univerza na Primorskem, FAMNIT.

Tuji partnerji: University of York, Department of Biology, VB / University of Essex, School of Biological Sciences, VB / Agroscope, Zurich, CH